Del total de causas infecciosas del primer semestre de 2023, el 39,2% de la mortalidad fue clasificada como micosis y un 39,2% también como flavobacteriosis en Chile. Por ello, es muy importante avanzar en las investigaciones sobre esta enfermedad infecciosa bacteriana causada por Flavobacterium psychrophilum, una bacteria Gram-negativa, filamentosa y psicrófila.
Estudios genéticos sugieren algunos genotipos específicos para ciertas especies de peces, especialmente el salmón coho (Oncorhynchus kisutch). Hasta la fecha, los aislados analizados de esta especie de pez son limitados y ninguno proviene de Chile.
Sin embargo, recientemente los investigadores Dr. Ruben Avendaño Herrera (UNAB/INCAR), la Dra. Mónica Saldarriaga Córdoba, (UBO/INCAR) y el biólogo Pedro Ilardi de la FAV publicaron el inédito estudio en la revista Microbiology Resource Announcements denominado “Draft genome for Flavobacterium psychrophilum isolates from diseased coho salmon (Oncorhynchus kisutch) in Chile” que describe las secuencias genómicas de seis aislados recuperados de salmón coho enfermo cultivado en dos centros de cultivo en la región de Los Lagos.
Sobre el estudio y resultados
Se tomaron muestras para el aislamiento bacteriano de lesiones externas, la columna vertebral, el riñón y el bazo de cada salmón coho. Todos los cultivos de F. psychrophilum se almacenaron a -80°C en viales CryoBank y para la secuenciación del genoma, se sometieron a extracción de ADN tres colonias puras de cada F. psychrophilum y se enviaron a SeqCenter (Pensilvania) para su secuenciación.
Para el proceso de ensamblaje, se utilizó Spades v3.13.0 y se evaluó la calidad y completitud de los ensamblajes finales utilizando CheckM v1.2.2, y la calidad se verificó con QUAST v.5.2.0. Los genomas ensamblados se registraron luego utilizando el servidor RAST v.2.0.
Los resultados fueron que “los ensamblajes del genoma variaron de 50 a 119 contigs y de 2,694,356 a 2,736,257 bp con un contenido de G+C del 32.5%”, especificaron los autores.
Además, el análisis in silico del genoma descubrió genes asociados con sistemas de secreción, incluido los sistemas de secreción tipo I y tipo IX (T1SS y T9SS, respectivamente), pero no se encontraron genes asociados con resistencia a los antibióticos.
Finalmente, los expertos destacaron que “el presente estudio proporciona conocimientos iniciales integrales sobre las características genómicas de los aislados de F. psychrophilum de salmón coho cultivados en Chile, con detalles adicionales sobre el potencial de virulencia programados para su publicación futura”.
