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Metabarcoding de ADN: Poderosa herramienta de monitoreo ambiental en la salmonicultura

El estudio destaca que este enfoque no solo mejora la precisión de las evaluaciones de impacto, sino que también apoya el desarrollo de prácticas acuícolas más sostenibles.

Por Jocelyn Vargas
6 de octubre, 2024 - 20:41 hrs.
Gráfico de barras de abundancia relativa de las familias Ruminococcaceae, Psychromonadaceae, Spirochaetaceae y Lachnospiraceae. 
Créditos estudio.

Gráfico de barras de abundancia relativa de las familias Ruminococcaceae, Psychromonadaceae, Spirochaetaceae y Lachnospiraceae. Créditos estudio.

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En los últimos años, la industria de la salmonicultura ha experimentado un crecimiento significativo a nivel mundial, y en las Islas Feroe se ha convertido en una industria importante con una producción anual de más de 94 mil toneladas, representando el 24% del PIB. De acuerdo con las regulaciones ambientales, el fondo marino se monitorea durante cada ciclo de producción en todos los sitios de cultivo, involucrando análisis macrofaunales, sensoriales y químicos. Sin embargo, el impacto de la actividad de cultivo sobre los microorganismos en las Islas Feroe sigue siendo desconocido. En este sentido, un nuevo estudio desarrollado por investigadores de SMJ Consulting Engineers, la Universidad de Las Islas Feroe, Hiddenfjord y Firum denominado “Impacts on microbial communities in sediments by aquaculture farming during one salmon cycle” y publicado en Frontiers in Marine Science, tuvo como objetivo evaluar el impacto del cultivo de salmón del Atlántico en las comunidades microbianas bentónicas en las Islas Feroe, proporcionando una mejor comprensión de los efectos sobre la base de la red trófica bentónica y para evaluar si estos son más propensos al impacto ambiental que el biomonitoreo macrofaunal tradicional.  Sobre el estudio  Para ello, se recolectaron núcleos de sedimento a lo largo de un transecto desde directamente debajo de las jaulas de salmón hasta un sitio de referencia de fondo. El muestreo se realizó antes de la liberación de salmón en las jaulas («antes del almacenamiento») e inmediatamente antes de que el salmón fuera cosechado («biomasa máxima»). El gen 16S rRNA (V4-V5) se secuenció en un Illumina MiSeq a partir de las muestras de sedimento en la superficie, a 3 cm y a 10 cm de profundidad y tras ello “se observaron cambios significativos en la composición de la comunidad microbiana entre «antes del almacenamiento» y «biomasa máxima», así como entre diferentes capas de profundidad”, puntualizaron los autores. “La diversidad microbiana aumentó con la distancia creciente de las jaulas y fue más alta «antes del almacenamiento», lo que indica un impacto significativo de la salmonicultura en la estructura de la comunidad microbiana”, destacaron los expertos.  A raíz de los resultados A diferencia del monitoreo ambiental regularmente ejecutado, los resultados de este estudio mostraron un impacto en los sedimentos por la salmonicultura, subrayando la relevancia del metabarcoding de ADN cuando se biomonitorea un área de acuicultura. Estos resultados subrayan las limitaciones del monitoreo ambiental tradicional, que se centra principalmente en indicadores de macrofauna. “El estudio demuestra que el metabarcoding de ADN ofrece una poderosa alternativa para evaluar el impacto ambiental de la acuicultura, capturando cambios en las comunidades microbianas que pueden pasar desapercibidos con los métodos convencionales”, aseveraron los investigadores. Al integrar técnicas avanzadas como el metabarcoding de ADN en las evaluaciones ambientales de rutina, la industria puede obtener una comprensión más completa de su huella ecológica. “Este enfoque no solo mejora la precisión de las evaluaciones de impacto, sino que también apoya el desarrollo de prácticas acuícolas más sostenibles. A medida que la industria de la salmonicultura continúa expandiéndose, estos conocimientos son cruciales para equilibrar el crecimiento económico con el cuidado del medio ambiente”, realzaron los científicos. Lea el estudio completo aquí.

En los últimos años, la industria de la salmonicultura ha experimentado un crecimiento significativo a nivel mundial, y en las Islas Feroe se ha convertido en una industria importante con una producción anual de más de 94 mil toneladas, representando el 24% del PIB.

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De acuerdo con las regulaciones ambientales, el fondo marino se monitorea durante cada ciclo de producción en todos los sitios de cultivo, involucrando análisis macrofaunales, sensoriales y químicos. Sin embargo, el impacto de la actividad de cultivo sobre los microorganismos en las Islas Feroe sigue siendo desconocido.

En este sentido, un nuevo estudio desarrollado por investigadores de SMJ Consulting Engineers, la Universidad de Las Islas Feroe, Hiddenfjord y Firum denominado “Impacts on microbial communities in sediments by aquaculture farming during one salmon cycle” y publicado en Frontiers in Marine Science, tuvo como objetivo evaluar el impacto del cultivo de salmón del Atlántico en las comunidades microbianas bentónicas en las Islas Feroe, proporcionando una mejor comprensión de los efectos sobre la base de la red trófica bentónica y para evaluar si estos son más propensos al impacto ambiental que el biomonitoreo macrofaunal tradicional. 

Sobre el estudio 

Para ello, se recolectaron núcleos de sedimento a lo largo de un transecto desde directamente debajo de las jaulas de salmón hasta un sitio de referencia de fondo. El muestreo se realizó antes de la liberación de salmón en las jaulas («antes del almacenamiento») e inmediatamente antes de que el salmón fuera cosechado («biomasa máxima»).

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El gen 16S rRNA (V4-V5) se secuenció en un Illumina MiSeq a partir de las muestras de sedimento en la superficie, a 3 cm y a 10 cm de profundidad y tras ello “se observaron cambios significativos en la composición de la comunidad microbiana entre «antes del almacenamiento» y «biomasa máxima», así como entre diferentes capas de profundidad”, puntualizaron los autores.

“La diversidad microbiana aumentó con la distancia creciente de las jaulas y fue más alta «antes del almacenamiento», lo que indica un impacto significativo de la salmonicultura en la estructura de la comunidad microbiana”, destacaron los expertos. 

A raíz de los resultados

A diferencia del monitoreo ambiental regularmente ejecutado, los resultados de este estudio mostraron un impacto en los sedimentos por la salmonicultura, subrayando la relevancia del metabarcoding de ADN cuando se biomonitorea un área de acuicultura.

Estos resultados subrayan las limitaciones del monitoreo ambiental tradicional, que se centra principalmente en indicadores de macrofauna. “El estudio demuestra que el metabarcoding de ADN ofrece una poderosa alternativa para evaluar el impacto ambiental de la acuicultura, capturando cambios en las comunidades microbianas que pueden pasar desapercibidos con los métodos convencionales”, aseveraron los investigadores.

Al integrar técnicas avanzadas como el metabarcoding de ADN en las evaluaciones ambientales de rutina, la industria puede obtener una comprensión más completa de su huella ecológica. “Este enfoque no solo mejora la precisión de las evaluaciones de impacto, sino que también apoya el desarrollo de prácticas acuícolas más sostenibles. A medida que la industria de la salmonicultura continúa expandiéndose, estos conocimientos son cruciales para equilibrar el crecimiento económico con el cuidado del medio ambiente”, realzaron los científicos.

Lea el estudio completo aquí.

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