Diagnóstico de última generación: LAMP moderniza la detección rápida de P. salmonis para uso en campo

Piscirickettsia salmonis, el agente causal de la piscirickettsiosis, representa una amenaza significativa para la industria chilena de la acuicultura, causando pérdidas económicas sustanciales cada año. El patógeno, identificado por primera vez como especie en 1992, se divide en dos genogrupos: LF-89 y EM-90, asociados con diferentes tasas de mortalidad y patogenicidad. Los métodos tradicionales de genotipificación, como la PCR múltiple, son efectivos pero están limitados por su costo, requisitos de equipamiento y la necesidad de experiencia especializada. Por esta razón, un equipo de investigadores chilenos ha contribuido al desarrollo de una novedosa técnica de detección rápida, basada en la amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP), que permite identificar de manera específica a P. salmonis a través de un gen único. Esta innovación representa un hito en el diagnóstico genómico de este patógeno en la salmonicultura. En la investigación titulada “Advancements in Rapid Diagnostics and Genotyping of Piscirickettsia salmonis Using Loop-Mediated Isothermal Amplification”, publicada en Frontiers in Microbiology, los autores, liderados por el Dr. Adolfo Isla, presentaron un avance crucial en el diagnóstico de P. salmonis mediante un qPCR estandarizado que reemplaza a las técnicas más antiguas.  “Este nuevo método ofrece una forma más precisa y reproducible de diagnosticar la especie y la infección, y puede ser adoptado como gold standard por las autoridades regulatorias para la implementación de ring tests entre laboratorios que actualmente utilizan qPCR «in-house» con partidores y genes desconocidos. La estandarización de este qPCR permitirá una mayor consistencia y fiabilidad en los resultados de diagnóstico, beneficiando la vigilancia y manejo de enfermedades”, explicó el Dr. Alejandro Yáñez.  Estudio y resultados Este estudio valida la Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle (LAMP) como una alternativa rápida y específica para diagnosticar infecciones por Piscirickettsia salmonis. Los investigadores desarrollaron el primer ensayo de qPCR y LAMP dirigido al gen del receptor tonB (tonB-r), conservado en la especie, para la identificación precisa de P. salmonis. Este gen único, que no comparte secuencia genética con ninguna otra bacteria secuenciada en la base de datos NCBI, permite la detección específica de P. salmonis a nivel de especie, lo que garantiza un diagnóstico altamente confiable. Además, “el diagnóstico general de P. salmonis fue adaptado al formato de PCR-LAMP, una técnica que ofrece múltiples beneficios: rápida, sensible, específica, de bajo costo y que no requiere equipamiento especializado. Esta metodología ha sido diseñada para facilitar su implementación en centros de cultivo, permitiendo una detección accesible y confiable directamente en campo”, destacó el Dr. Yáñez.  El estudio también desarrolló dos pruebas adicionales de PCR-LAMP que permiten identificar los genogrupos específicos de P. salmonis: Genogrupo LF-89 y Genogrupo EM-90. Distinguir entre estos genogrupos es esencial debido a sus diferencias en virulencia y comportamiento epidemiológico, lo que impacta directamente en las estrategias de manejo sanitario y en las decisiones productivas. Genogrupo LF-89: Menos virulento en comparación con EM-90, pero presente en diversas áreas de producción de salmónidos, lo que lo convierte en un agente clave para el monitoreo y control. Identificarlo de manera precisa permite ajustar los tratamientos y reducir las pérdidas. Genogrupo EM-90: Conocido por su alta virulencia, está asociado a brotes más severos de Piscirickettsiosis. Detectarlo de manera temprana es crucial para evitar la diseminación de infecciones graves que pueden aumentar la mortalidad y afectar la productividad en los centros de cultivo. El uso de PCR-LAMP para la identificación de estos genogrupos proporciona a los acuicultores una herramienta valiosa para tomar decisiones informadas en tiempo real, optimizando las estrategias de manejo sanitario y respondiendo rápidamente a los brotes. Beneficios de la tecnología Los ensayos de LAMP mostraron una sensibilidad y especificidad comparables a las técnicas de PCR en tiempo real, con ventajas adicionales como resultados rápidos, menores costos y operación simplificada, lo que los hace ideales para uso en campo. La especificidad fue confirmada mediante pruebas con otros patógenos de salmónidos, como Renibacterium salmoninarum, Vibrio ordalii, Flavobacterium psychrophilum, Tenacibaculum maritimum y Aeromonas salmonicida, sin detectar reactividad cruzada. Los investigadores, además, destacaron que el método de detección visual y la diferenciación precisa entre genogrupos subrayan el potencial de LAMP como una herramienta diagnóstica robusta para la acuicultura. El Dr. Yáñez detalló que  “diseñamos dos ensayos de genotipificación LAMP para diferenciar entre los genogrupos LF-89 y EM-90, utilizando secuencias únicas como la nitronato monooxigenasa para LF-89 y la fosfatasa ácida para EM-90”. Paso significativo Este avance en la detección de especies (qPCR y LAMP) y la genotipificación de P. salmonis representa un paso significativo en el manejo de enfermedades dentro de la industria acuícola. La implementación de LAMP no solo mejora la vigilancia sanitaria y la detección temprana de infecciones, sino que también optimiza las estrategias de control, permitiendo una respuesta rápida frente a brotes, lo que en última instancia beneficiará la productividad y sostenibilidad del sector salmonero. La capacidad de esta tecnología para proporcionar resultados precisos y rápidos directamente en campo, con menores costos operativos, tiene el potencial de establecerse como un nuevo estándar de oro en la industria, facilitando una mejor toma de decisiones y protegiendo la salud de los cultivos de salmón en todo el mundo. Lea el estudio completo aquí.