La septicemia rickettsial salmonídea (SRS) es una enfermedad bacteriana que representa uno de los mayores desafíos para la salmonicultura chilena. Causada por la bacteria Piscirickettsia salmonis, el SRS provoca anualmente mortalidades masivas y pérdidas económicas significativas para la industria nacional.
Más allá de la mortalidad directa, el SRS también impacta negativamente en la calidad del salmón, incrementa los costos asociados a tratamientos con antibióticos, y genera preocupaciones crecientes sobre el bienestar animal y la sostenibilidad de la industria.
Este complejo panorama ha impulsado la búsqueda de soluciones más efectivas y de largo plazo, que vayan más allá de las vacunas y tratamientos convencionales. En este contexto crítico, emerge un proyecto innovador basado en tecnologías genómicas, diseñado para fortalecer el control del SRS mediante la identificación y selección de salmones con una resistencia natural superior a esta compleja enfermedad.
Optimización de la predicción en la selección genética
InfoSALMON conversó con el Dr. Jousepth Gallardo, investigador del Laboratorio de Genómica Acuícola de la Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias de la Universidad de Chile (Favet). Bajo la coordinación del Dr. José Manuel Yañez, director del laboratorio, el proyecto se centra en identificar variantes clave en el genoma de los salmónidos que permitan predecir su resistencia al SRS.
El objetivo es desarrollar un panel genético compacto que, mediante el análisis de la variación genómica de la población, minimice los costos de genotipado y maximice la precisión en la selección de ejemplares resistentes como reproductores.
Desentrañando el genoma: La metodología GWAS
El estudio emplea un Análisis de Asociación Genómica (GWAS), una técnica que examina el genoma completo para detectar variantes genéticas relacionadas con rasgos específicos, como la resistencia a enfermedades. En términos simples, GWAS identifica «marcadores» en el ADN que están asociados con la capacidad de los peces para combatir el SRS.
Este proyecto destaca por su escala: utiliza información de 170 genomas completos de reproductores de trucha arcoíris a una profundidad de 10X y de aproximadamente 1.000 descendientes infectados con SRS cuyos genomas serán secuenciados a menor profundidad (1x) y reconstruidos (o «imputados») utilizando la información de los padres para mejorar la exactitud del análisis.
Con millones de variantes genómicas bajo estudio, los investigadores exploran detalladamente las regiones del genoma que influyen en la resistencia. A través de un proceso iterativo, seleccionan la combinación óptima de marcadores que maximiza la precisión en la predicción.
A diferencia de los métodos tradicionales, que usan marcadores genéticos dispersos de forma homogénea sin considerar su relevancia, este proyecto selecciona marcadores específicos relacionados con la resistencia al SRS, lo que mejora la precisión.
Validación en nuevas generaciones y potencial de aplicación
Un aspecto crucial y distintivo de este proyecto es su énfasis en la validación intergeneracional. Tradicionalmente, la evaluación de la resistencia al SRS se limita a una única generación debido a los elevados costos y la complejidad logística. Sin embargo, gracias a la valiosa colaboración con productoras chilenas líderes como Salmones Antártica y al respaldo financiero del proyecto FONDEF (código ID23I10397), los investigadores podrán validar el modelo predictivo en la generación siguiente.
Esta validación intergeneracional es fundamental, ya que las nuevas generaciones presentan combinaciones genéticas distintas a las de la generación original, producto del proceso de meiosis (Proceso de división celular que genera gametos con nuevas combinaciones genéticas). Esto asegura que el panel genético desarrollado sea robusto, efectivo a largo plazo y verdaderamente aplicable en condiciones reales de producción.
Beneficios prácticos y proyección a futuro
Financiado por Fondef y desarrollado junto a la industria salmonera chilena, este proyecto busca entregar una solución concreta: un panel de variantes genéticas que los productores puedan utilizar para seleccionar reproductores más resistentes al SRS.
Según el Dr. Gallardo, esta herramienta estará lista al finalizar la investigación y podría reducir significativamente tanto las tasas de mortalidad como los costos asociados a tratamientos y vacunas. Además, gracias al análisis fino permitido por la secuenciación masiva de genomas, se logrará un avance clave en la comprensión de los mecanismos biológicos subyacentes a la resistencia al SRS, sentando las bases para futuras innovaciones en la salmonicultura sostenible.
