Científicos chilenos descubren el papel clave de los lncRNA en la defensa muscular de la trucha contra la bacteria SRS

Durante años, buena parte de la investigación sobre la respuesta de los salmónidos frente a Piscirickettsia salmonis, agente causante del Síndrome Rickettsial del Salmón (SRS), se ha concentrado en órganos tradicionalmente asociados con la respuesta inmune, como el riñón cefálico, el bazo y el hígado. Sin embargo, una investigación publicada en Fishes en julio de 2026 pone el foco sobre un tejido que podría tener un papel mucho más relevante de lo que se pensaba: el músculo esquelético. El estudio, liderado por investigadores de la Universidad Andrés Bello (UNAB), la Pontificia Universidad Católica de Chile y el Centro Interdisciplinario para la Investigación Acuícola (INCAR²), analizó la actividad genética del músculo de trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) y de células musculares cultivadas frente a una infección por P. salmonis. Entre sus principales resultados destaca la identificación de 4.263 candidatos a ARN largos no codificantes (lncRNA), de los cuales 3.725 —equivalentes al 87,4%— no habían sido descritos previamente. Los lncRNA son moléculas de ARN que no producen proteínas, pero que pueden participar en la regulación de la actividad de otros genes. En términos simples, constituyen una suerte de “capa de control” que ayuda a las células a determinar qué genes deben activarse, cuándo hacerlo y bajo qué condiciones. Para la salmonicultura, el hallazgo resulta relevante porque amplía la comprensión de la respuesta del pez ante el SRS: la interacción entre hospedador y patógeno no se limitaría a los órganos tradicionalmente considerados inmunológicos, sino que involucraría también una compleja red regulatoria presente en el músculo. El músculo también responde al desafío infeccioso El músculo esquelético representa aproximadamente entre el 50% y 60% del peso corporal de los peces teleósteos y cumple funciones que van mucho más allá del movimiento. Participa en el metabolismo energético y proteico y, como muestra esta investigación, también presenta una actividad molecular asociada con procesos de respuesta frente a agentes infecciosos. A partir de más de 609 millones de lecturas de secuenciación, los investigadores obtuvieron más de 570 millones de lecturas de alta calidad, a partir de las cuales identificaron los 4.263 lncRNA candidatos. Los análisis funcionales predijeron asociaciones con procesos vinculados a inmunidad, señalización celular y apoptosis, mecanismos relacionados con la defensa del organismo, la comunicación entre células y la regulación de la supervivencia celular. En este contexto, uno de los hallazgos que más llama la atención es que el tipo de muestra —músculo esquelético completo o células musculares cultivadas— tuvo una influencia incluso mayor sobre el perfil de lncRNA que la propia infección. Esto indica que el contexto celular es determinante para interpretar la respuesta molecular y que los resultados obtenidos en cultivos in vitro no necesariamente reproducen por completo lo que ocurre en un pez vivo. Créditos: Centro INCAR². De más de 4.000 señales, 764 cambiaron frente a la infección El estudio identificó 764 lncRNA diferencialmente expresados, es decir, moléculas cuya actividad cambió significativamente entre las condiciones experimentales. De ese conjunto, 191 estuvieron asociados exclusivamente a la condición infectada, mientras que 180 correspondieron exclusivamente a la condición control. Pero más importante que el número es el cambio en las funciones biológicas asociadas. En condiciones no infectadas, los procesos relacionados con estos lncRNA estuvieron principalmente vinculados con funciones metabólicas y estructurales, incluyendo síntesis de esteroles y proteoglicanos, metabolismo de ácidos grasos de cadena larga y división celular. Con la presencia de P. salmonis, en cambio, el panorama molecular se desplazó hacia procesos relacionados con estrés, respuesta inmune y daño celular, incluyendo producción de citoquinas, apoptosis y regulación del transporte de iones y del metabolismo del ARN. En términos sencillos, la célula parece pasar desde un estado orientado principalmente al mantenimiento y funcionamiento normal hacia otro en el que adquieren mayor relevancia mecanismos asociados con la defensa y la respuesta al estrés infeccioso. Un lncRNA que cambia de función según el contexto Entre las moléculas analizadas aparece una señal particularmente interesante: XR_005041884, un lncRNA asociado con múltiples procesos biológicos. En condiciones no infectadas, esta molécula apareció vinculada con procesos relacionados con organización del citoesqueleto, señalización celular y migración. Frente a P. salmonis, en cambio, se relacionó con procesos vinculados con la señalización de NF-κB y apoptosis. Los investigadores plantean que este comportamiento podría reflejar una función dependiente del contexto. Es decir, un mismo sistema regulatorio podría participar en el mantenimiento celular bajo condiciones normales y adquirir una función diferente durante una infección. No obstante, existe una precisión fundamental: el estudio identifica asociaciones y realiza predicciones funcionales, pero todavía no demuestra que estos lncRNA sean directamente responsables de los cambios observados. Esa distinción resulta especialmente importante al pensar en eventuales aplicaciones para la industria. ¿Qué tan cerca están los lncRNA de convertirse en biomarcadores? Para el Dr. Juan Antonio Valdés, director de la carrera de Ingeniería en Biotecnología de la Universidad Andrés Bello (UNAB), investigador de INCAR² y del CIMARQ, los resultados son una señal prometedora, pero aún existe un camino experimental antes de hablar de una herramienta diagnóstica. “Los resultados son promisorios, pero todavía estamos en una etapa de identificación de candidatos. El estudio detectó 4263 lncRNA y 764 diferencialmente expresados, de los cuales 191 fueron específicos de la condición infectada, lo que sugiere que podrían existir firmas moleculares asociadas a P. salmonis. Sin embargo, hay un aspecto importante: el trabajo muestra que el tipo de muestra, músculo esquelético versus miotubos, tiene un efecto sobre el perfil de lncRNA incluso mayor que la propia infección. Esto significa que la especificidad tisular de estas moléculas puede ser una ventaja biológica, pero también una dificultad para utilizarlas como biomarcadores universales. Por lo tanto, antes de hablar de un biomarcador propiamente tal habría que seleccionar un grupo reducido de candidatos y demostrar que su expresión cambia de manera reproducible durante las primeras etapas de la infección. Por ahora existen buenos candidatos, pero aún no biomarcadores validados”, comentó a InfoSALMON el investigador. Créditos: Centro INCAR². ¿Podrían transformarse en nuevos blancos de prevención o tratamiento? La investigación también abre una segunda posibilidad: que algunos lncRNA puedan convertirse, en el futuro, en blancos moleculares para intervenir sobre la interacción entre el pez y P. salmonis. Valdés destaca que esta posibilidad es conceptualmente atractiva, aunque reconoce que se encuentra más distante de una aplicación práctica. “Sí, conceptualmente es una de las posibilidades más interesantes que abre el trabajo, aunque aquí la distancia hacia una aplicación es mayor que en el caso de un biomarcador. El estudio muestra que durante la infección los lncRNA se asocian con procesos relacionados con respuesta inmune, producción de citoquinas, señalización y apoptosis, en contraste con las funciones predominantemente metabólicas y estructurales observadas en la condición control”, señaló. “Un candidato particularmente interesante es LOC118947704. Durante la infección aparece asociado con procesos vinculados a NF-κB y apoptosis. Esta regulación podría corresponder a un mecanismo del hospedador destinado a limitar una inflamación excesiva, pero también podría representar una estrategia utilizada directa o indirectamente por P. salmonis para modular la respuesta celular y favorecer su supervivencia intracelular. Esta segunda posibilidad es biológicamente muy atractiva porque es consistente con trabajos previos que muestran que P. salmonis puede modificar la apoptosis de las células del hospedador. Si se demostrara que un lncRNA concreto es necesario para esa manipulación, entonces sí podría plantearse como un nuevo blanco terapéutico”, reflexionó. Una nueva capa para entender la interacción hospedador-patógeno Para Valdés, la principal contribución del trabajo es precisamente ampliar el paradigma desde el cual se estudia la enfermedad. “A mi juicio, la principal importancia del trabajo es que amplía el paradigma de cómo entendemos la interacción entre P. salmonis y el hospedador. Tradicionalmente hemos analizado fundamentalmente genes codificantes, citoquinas y vías inmunológicas. Este trabajo demuestra que existe además una capa regulatoria compuesta por lncRNA que cambia durante la infección y que está asociada con procesos centrales como señalización, inmunidad y apoptosis”, destacó el Dr. Valdés. Además, “este estudio identifica una cantidad muy importante de información nueva: gran parte de los lncRNA encontrados son no anotados previamente, lo que muestra que todavía existe una fracción considerable del transcriptoma regulatorio de los salmónidos que permanece prácticamente inexplorada”, resaltó el experto. Ahora bien, “desde el punto de vista de la salmonicultura, veo tres posibles aplicaciones futuras: La primera es diagnóstico: Algunos lncRNA específicos de infección podrían convertirse en indicadores tempranos de exposición o progresión de SRS. La segunda es selección genética: Si determinados perfiles de lncRNA se asocian consistentemente con peces que presentan menor carga bacteriana, menor mortalidad o mayor resistencia, podrían incorporarse como información complementaria en estudios de familias resistentes. La tercera, probablemente la más novedosa, es prevención o tratamiento. Si se demuestra que algunos de estos lncRNA controlan mecanismos esenciales para la interacción hospedador-P. salmonis, podrían transformarse en nuevos blancos moleculares”, proyectó el investigador. Del hallazgo molecular a una eventual aplicación productiva El principal valor del estudio no está, por ahora, en entregar una nueva herramienta sanitaria que pueda implementarse inmediatamente en los centros de cultivo. Su aporte está en proporcionar miles de nuevas señales que permiten explorar con mayor profundidad cómo responde el organismo de los peces ante P. salmonis. La gran cantidad de lncRNA no anotados también evidencia una limitación importante del conocimiento actual sobre el transcriptoma regulatorio de los salmónidos. Es decir, todavía existen numerosas moléculas cuya función y relación con procesos fisiológicos o patológicos son desconocidas. Para determinar si alguna de ellas puede convertirse en una herramienta útil será necesario pasar de las asociaciones observadas a la demostración de causalidad. El SRS más allá de los genes inmunológicos El estudio plantea así una mirada más amplia sobre la respuesta de los peces frente al SRS. La infección no parece limitarse a la activación de determinados genes inmunológicos, sino que implica una reorganización de múltiples funciones celulares relacionadas con defensa, estrés, metabolismo, comunicación entre células y supervivencia. Los lncRNA podrían formar parte de ese sistema de ajuste fino, ayudando a determinar cómo una célula responde dependiendo de su estado y del ambiente en que se encuentra. Para una industria que busca avanzar hacia estrategias sanitarias cada vez más preventivas y sustentadas en conocimiento biológico, este tipo de información puede convertirse en una pieza relevante del rompecabezas. Lea el estudio completo aquí: LncRNA-Mediated Transcriptional Responses to Piscirickettsia salmonis Infection in Rainbow Trout Skeletal Muscle and Primary Myotubes