Como un notable ejemplo de colaboración transfronteriza pre-competitiva se desarrolló la iniciativa multidisciplinaria “Coho Genomics: Conservation, Production, Management & Communitie” que releva los avances científicos en torno a la genómica del salmón coho.
Esta iniciativa surge en el marco del proyecto EPIC4, financiado por Genome Canada, Genome British Columbia y Génome Québec, cuyo enfoque revela la importancia cultural y económica del salmón coho en Norteamérica para su conservación, y en Chile para su cultivo.
A partir de esta iniciativa, surge la colaboración internacional con la participación de la Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias de la Universidad de Chile (FAVET) y Aquaculture Genomics Lab en la secuenciación y ensamblaje del genoma de salmón coho.
Así también dentro de los colaboradores del proyecto, se encuentra Empresas AquaChile, Simon Fraser University, Université Laval, University of Victoria, The University of British Columbia, Fisheries and Oceans Canada, Vancouver Island University, Duke University, entre otros.
Respecto a la relevancia de esta investigación, la secuenciación del genoma de referencia del salmón coho abre nuevas puertas para la investigación, conservación de esta especie en su ambiente natural y genera nuevas herramientas para el manejo y sustentabilidad acuícola a nivel productivo.
Sobre el estudio
Las implicaciones establecidas en el estudio brindan nuevas consideraciones valiosas para los tomadores de decisiones, no solo para el futuro de la conservación y producción del salmón coho, sino también, por extensión, para todas las especies de salmón en Norteamérica.
Los hallazgos en esta investigación son la culminación de cinco años de investigación llevada a cabo por un equipo interdisciplinario de más de 100 personas de todo Canadá, con socios internacionales con sede en Estados Unidos y Chile.
Los investigadores realizaron un mapeo del genoma del salmón coho y desarrollo de herramientas genómicas prácticas que son fundamentales para la conservación de la especie, la producción de alimentos y la salud de los peces.
Antes del inicio de este proyecto, el salmón del Atlántico era la única especie de salmón cuyo genoma había sido completamente mapeado. Las secuencias genómicas de las especies de salmón nativas del Pacífico Norte permanecían incompletas y existían pocas herramientas genómicas disponibles para evaluar las poblaciones de salmón del Pacífico (coho).
“El objetivo de este proyecto fue proporcionar una referencia genética común para el salmón coho que pudiera vincular la genética con enfermedades, comportamiento, producción, evolución y fisiología, todos los cuales son importantes para la conservación, producción y gestión del salmón coho”, explicaron los investigadores.
Mapeo del genoma
En la investigación se secuenció el ADN completo del genoma del salmón coho, para un macho y una hembra. Además, se compiló una lista completa de los genes del coho, incluyendo su ubicación y cómo se expresan en 18 órganos diferentes.
Gracias a ello, se produjo una imagen completa de cómo los genomas y los genes pueden variar en polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) a lo largo del rango geográfico del salmón coho en América del Norte. Esto se determinó a partir de un estudio genómico de más de 100 individuos diferentes desde California hasta Alaska.
Para el estudio se desarrollaron herramientas y tecnologías que incluyen chips SNP de 200k y 70k. El chip SNP de 200k se utilizó en dos instalaciones acuícolas diferentes. Luego desarrollamos un chip SNP de 70k más rentable para utilizarse en evaluaciones de poblaciones regulatorias, de conservación y de acuicultura.
“Nuestra investigación y datos, incluyendo el genoma completo mapeado del salmón coho y la tecnología de chips SNP de 200k y 70k, se pusieron a disposición del público y se transfirieron con éxito a socios comerciales e industriales”, destacaron los investigadores.
Principales hallazgos
Se identificaron más de 40.000 genes codificadores de proteínas de 18 órganos diferentes de peces, de los cuales el 88% de las secuencias génicas se pudieron posicionar sin ambigüedades en los cromosomas.
Se descubrió que el 53% del genoma está formado por secuencias repetidas, uno de los porcentajes más altos de cualquier genoma de vertebrado conocido.
La tecnología de chip SNP desarrollada durante el proyecto se probó con éxito y se utilizó para evaluar los reproductores de coho en Canadá, Estados Unidos y Chile.
